Shadowverse Flame lấy bối cảnh tại ngôi trường Shadovar một trong những nơi đào tạo ra các tuyển thủ chuyên nghiệp của trò chơi Shadowverse. Lúc này cậu học sinh Tenryu Light mới chuyển đến trường Shadowvar và cậu quyết định tham gia vào Seventh Flame, là một trong bảy CLB ở Shadovar. Thế nhưng, Seventh Flame đang dần bị đóng cửa khi đang thiếu hụt các thành viên, để ngăn chặn CLB giải tán Tenryu Light đã tìm kiếm những thành viên mới nhưng cậu không hề biết được rằng bọn họ đều là những đối thủ mạnh mẽ.