Kaizoku Oujo - Fena: Pirate Princess xoay quanh câu chuyện về cô gái Fena Houtman đã mồ côi cha mẹ từ khi còn nhỏ, và cô đã lớn lên tại một hòn đảo Chattel, nơi đây dành cho những người vô dụng bị vứt bỏ. Sau đó, quá khứ của Fena bỗng nhiên ập đến một cách bất ngờ, khiến cô nổi dậy âm mưu trả thù. Do đó Fena quyết định thay đổi thân phận của mình và bắt đầu đi ngao du khắp nơi để tìm kiếm những người bạn đồng hành và thực hiện mục tiêu của mình.